Ana Paula Zacarias nasceu em Lisboa a 5 de janeiro de 1959. Licenciou-se em Antropologia Cultural pela Universidade Nova de Lisboa (UNL), sendo posteriormente assistente na Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da UNL.
É diplomata do Ministério dos Negócios Estrangeiros desde 1983, com uma longa carreira em Portugal e no exterior.
Antes de assumir o atual cargo de Secretária de Estado, desempenhou funções no Serviço Europeu de Ação Externa como Embaixadora da União Europeia para a Colômbia e Equador desde 2015 e anteriormente, Embaixadora da UE para o Brasil, desde 2011.
Em Portugal, foi Vice-presidente do Instituto Camões, Consultora para as Relações Internacionais na Presidência da República, Diretora dos Serviços de Informação e Imprensa do MNE, Representante do MNE no Pavilhão de Portugal e das Comunidades Portuguesas durante a Expo 98, Secretária de Embaixada nos Serviços do Protocolo do Estado e na Direção de Serviços da Europa.
No estrangeiro, foi Representante Adjunto na Representação Permanente de Portugal junto da União Europeia, Embaixadora de Portugal na Estónia, Representante Permanente Adjunto na Delegação de Portugal junto da UNESCO em Paris, Representante de Portugal junto da União Latina, Cônsul de Portugal em Curitiba e Secretária de Embaixada na Embaixada de Portugal em Washington.