Rui Martinho nasceu em São João da Pesqueira em 1963.
É licenciado em Engenharia Agronómica pelo Instituto Superior de Agronomia, tem um curso de pós-graduação em Estudos Europeus da Universidade Católica Portuguesa, concluiu a parte curricular do curso de Mestrado em Economia Agrária e Sociologia Rural do Instituto Superior de Agronomia.
Tem ainda uma pós-graduação em Gestão Pública - Curso de Estudos Avançados em Gestão Pública e o Curso Avançado de Gestão Pública, no Instituto Nacional de Administração.
Foi presidente do Conselho Diretivo do IFAP (de março a dezembro de 2020), vogal do Conselho Diretivo do IFAP, Gestor adjunto do Programa de Desenvolvimento Rural (PRODER e PDR2020), e adjunto do Ministro da Agricultura, Florestas e Desenvolvimento Rural.
Foi ainda diretor de Serviços no Gabinete de Planeamento e Políticas do MADRP, vice-presidente do Instituto de Desenvolvimento Rural e Hidráulica e adjunto do Gabinete do Secretário de Estado do Desenvolvimento Rural.
Foi igualmente chefe de divisão no GPPAA, perito nacional destacado na DG Agricultura da Comissão Europeia, e técnico superior no Ministério da Agricultura e na Comissão de coordenação e Desenvolvimento Regional do Norte.