João Nuno Mendes nasceu em Coimbra em 1973.
É licenciado em Gestão pelo Instituto Superior de Economia e Gestão – ISEG, onde foi assistente na área da gestão.
Iniciou a sua atividade profissional na área de auditoria na empresa Arthur Andersen, onde esteve de 1994 a 1996.
Foi Secretário de Estado do Planeamento entre 1999 e 2002 no XIV Governo da República, assumindo responsabilidades no domínio do terceiro quadro comunitário de apoio.
Foi assessor económico do Gabinete do Primeiro Ministro do XIII Governo Constitucional entre 1996 e 1999.
Entre 2002 e 2007 desempenhou funções de administrador com área financeira em unidades de negócio do Grupo Amorim, designadamente na Amorim Imobiliária e na Amorim Turismo.
Foi Diretor de áreas de desenvolvimento e atividades internacionais da Galp Energia de 2007 a 2016.
Desempenhou funções como Presidente do Conselho de Administração do Grupo Águas de Portugal entre 2016 e 2019.
Desde maio de 2020 liderou as negociações da Ajuda de Estado ao Grupo TAP.