Ana Paula Zacarias nasceu em Lisboa em 1959. Licenciou-se em Antropologia Cultural pela Universidade Nova de Lisboa (UNL), sendo posteriormente assistente na Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da UNL.
É diplomata do Ministério dos Negócios Estrangeiros desde 1983, com uma longa carreira em Portugal e no exterior.
Em Portugal, foi Vice-presidente do Instituto Camões, Consultora para as Relações Internacionais na Presidência da República, Diretora dos Serviços de Informação e Imprensa do MNE, Representante do MNE no Pavilhão de Portugal e das Comunidades Portuguesas durante a Expo 98, Secretária de Embaixada nos Serviços do Protocolo do Estado e na Direção de Serviços da Europa.
No estrangeiro, foi Representante Adjunto na Representação Permanente de Portugal junto da União Europeia, Embaixadora de Portugal na Estónia, Representante Permanente Adjunto na Delegação de Portugal junto da UNESCO em Paris, Representante de Portugal junto da União Latina, Cônsul de Portugal em Curitiba e Secretária de Embaixada na Embaixada de Portugal em Washington.
Desempenhou funções no Serviço Europeu de Ação Externa como Embaixadora da União Europeia para o Brasil, entre 2011 e 2015, e para a Colômbia e Equador, entre 2015 e 2017.
Foi Secretária de Estado dos Assuntos Europeus do XXI Governo Constitucional a partir de 14 de julho de 2017, continuando a despenhar a mesma função no atual Governo.