João Nuno Mendes nasceu em Coimbra, em 1973.
É licenciado em Gestão pelo Instituto Superior de Economia e Gestão – ISEG, em 1994, onde foi assistente na área da gestão.
Iniciou a sua atividade profissional na área de auditoria na empresa Arthur Andersen, onde esteve de 1994 a 1996.
Foi Secretário de Estado do Planeamento, entre 1999 e 2002, no XIV Governo da República, assumindo responsabilidades no domínio do terceiro quadro comunitário de apoio.
Foi assessor económico do Gabinete do Primeiro-Ministro do XIII Governo Constitucional, entre 1996 e 1999.
Entre 2002 e 2007, desempenhou funções de administrador com área financeira em unidades de negócio do Grupo Amorim, designadamente na Amorim Imobiliária e na Amorim Turismo.
Foi Diretor de áreas de desenvolvimento e atividades internacionais da Galp Energia, de 2007 a 2016.
Desempenhou funções como Presidente do Conselho de Administração do Grupo Águas de Portugal, entre 2016 e 2019.
Coordenou o grupo de trabalho criado para a negociação do auxílio de emergência à TAP desde maio de 2020 e até 15 de junho de 2020, altura em que iniciou funções como Secretário de Estado das Finanças do XXII Governo Constitucional.
Foi Secretário de Estado das Finanças do XXII Governo Constitucional (junho de 2020 a março de 2022) e Secretário de Estado do Tesouro no XXIII Governo Constitucional (março de 2022 a dezembro de 2022).