Margarida Tavares nasceu em Vale de Cambra em 1970.
Licenciada em Medicina pela Faculdade de Medicina da Universidade do Porto e Mestre em Saúde Pública (MPH) pela École de Santé Publique Institut Pasteur - Conservatoire national des arts et métiers, Conférence des Grandes Écoles, Paris, França.
Assistente graduada de infeciologia do Serviço de Doenças Infeciosas do Centro Hospitalar Universitário de São João (CHUSJ).
Coordenadora da Unidade de Doenças Infeciosas Emergentes do CHUSJ.
Diretora do Programa Prioritário para a área das Infeções Sexualmente Transmissíveis e Infeção pelo Vírus da Imunodeficiência Humana, Direção Geral da Saúde (DGS), desde 2021.
Membro do Conselho Nacional de Saúde Pública desde 2020.
Docente e regente da Unidade Curricular Controlo das Doenças Transmissíveis do Mestrado de Saúde Pública da Universidade do Porto de 2018 a 2022. Investigadora integrada da unidade de investigação EPI Unit do Instituto de Saúde Pública da Universidade do Porto.
Membro da Equipa Nacional de Resposta à Emergência da Infeção Humana por Vírus Monkeypox.
Integrou a Task Force para a Covid-19 e os grupos de trabalho nacionais dos planos de contingência para a doença por vírus Ebola e para a pandemia de gripe.
Foi Diretora do Internato Médico (2007-2010), adjunta do Diretor Clínico (2006-2010) e Diretora Clínica (2010-2015) do Centro Hospitalar de São João.