José Mendes nasceu em Braga em 1962.
É Licenciado em Engenharia Civil, Doutorado e Agregado em Planeamento do Território pela Universidade do Minho. É professor catedrático de Sistemas Regionais e Urbanos na Universidade do Minho, onde ocupou entre 2009 e 2015 o cargo de Vice-Reitor para a Valorização do Conhecimento.
Como investigador, desenvolveu atividades na década de 90 na Clark University e na South Dakota State University, nos EUA.
Fundou a plataforma UM-Cidades e era até 2015 Presidente do Conselho de Administração da AvePark Parque de Ciência e Tecnologia S.A, e Presidente da Direção da Associação Universidade-Empresa TecMinho. Integrou o Conselho de Fundadores da Fundação de Serralves.
Desempenhou funções como consultor e avaliador na Comissão Europeia, EACEA, ETF e NERC.
Foi o representante nacional no European Council of Civil Engineers (2010-2014) e Coordenador do Colégio de Engenharia Civil – Norte (2010-13).
Entre 2014 e 2015 presidiu à Assembleia Geral da Liga Portuguesa de Futebol Profissional.
É autor de dezenas de estudos e projetos na área dos sistemas urbanos e regionais.